A Semper vireo jelszó – örökzöld, mindig zöld – a közönséges magyal levelével, mely jelenleg a Malonyai Arborétum logójában található, volt az alapító, Dr. Ambrózy – Migazzi István mottója, miközben az örökzöld fás szárú növények termesztését próbálta meghonosítani Szlovákia területén. Ambrózy az északnyugat-magyarországi Tan (ma Tanakajd) községből származott, és már kiskorától lelkesen foglalkozott botanikával, amely azt követően is hobbija maradt, miután a jogi pályát választotta. Az 1892-es évben, 23 évesen vette feleségül Migazzi gróf lányát, Antóniát, Aranyosmarótról (Zlaté Moravce). Az ifjú házasok Barskisfalud (Vieska nad Žitavou) község szomszédságában telepedtek le, ahol a malonyai (Mlyňany) uradalom mellett, melyet Antónia hozományba kapott, a tölgyes-gyertyános erdő szélén egy kastélyt építettek.
Az említett, kb. 40 hektáron elterülő erdő aljnövényzetébe, melyet Révay gróftól szerzett a közeli Tajnasári (Tajná) községben, Ambrózy kísérleti alapon kiültetett néhány örökzöld idegenszármazású fás növényt. Az olyan ismert és ellenálló örökzöldek, mint az örökzöld puszpáng, a közönséges mahónia, és borostyán rövid időn belül számos, mindaddig Szlovákia területén ismeretlennek számító és egzotikus kinézetű fajtákkal lettek kiegészítve. 1914-ig az erdő aljnövényzete csaknem egészen megváltozott és a gyertyánok és tölgyek koronáinak az első idegenszármazású tűlevelűek kezdtek konkurálni. Ambrózy-Migazzi gróf a csertölgy, kocsányos tölgy lombkoronájú emlékfáit meg akarta őrizni, azonban az arborétum közepén és peremén lévő összefüggő növényzetet teljes mértékben tűlevelűekkel és félörökzöld vagy örökzöld tölgyekkel akarta helyettesíteni. Ezt már nem sikerült megvalósítania, mert 1914-ben politikai okokból elhagyta a malonyai uradalmat. A hagyomány úgy tartja, hogy már soha többé nem tért vissza a Malonyai Arborétumba. Az örökzöld park, a Malonyai Arborétum neve azonban még a tengerentúli szakmai körökben is jelentős visszhangot keltett, és Ambrózy-Migazzit, akit addig a fás növények esetleges meghonosításáról szóló elmélete miatt csúfolták, az idegenszármazású örökzöld fafajták közép-európai körülmények közé történő introdukciójának úttörőjeként kezdték számon tartani.
Az idegenszármazású fás szárú növények gyűjteménye, mely akkoriban nagyon fiatal és érzékeny volt Közép-Európa klimatikus viszonyaira, a szerény gondozás nehéz időszakán esett túl, olykor pedig a szó szoros értelmében vett fennmaradásáért kellett megküzdenie a két világháború idején, illetve a háborúk közötti és azt követő időszakban. Ma már bizonyosan állítható, hogy ha nincs a két cseh kertész, Jozef Mišák és Jozef Richtár lelkesedése, a Malonyai Arborétum ma már aligha létezne abban a formában, ahogy ma ismerjük. Jozef Mišák rendkívül szívén viselte az Arborétum sorsát, ő volt az, aki a parkban az első örökzöld növények kiültetéséért felelt, ma ezt úgy mondanánk, hogy felügyelte a sikeres akklimatizációs folyamatukat. Jozef Richtár, akinek egészsége már gyermekkorától jelentősen hanyatlott, később jelentős mértékben hozzájárult ahhoz, hogy az arborétum fás növényeinek gyűjteményével minisztériumi szinten is kellő mértékben foglalkozzanak – az arborétumot a tudományos ismeretek és kertművészet fontos forrásaként, valamint össztársadalmi jelentőségű helyként népszerűsítette, egy olyan helyként, melyre a szlovákok büszkék lehetnek.
A Malonyai Arborétumra 1953 után virradtak szebb idők, amikor a Szlovák Tudományos Akadémia részévé vált. A SZTA Malonyai Arborétumába beléptek az első tudományos dolgozók, és az egyes részlegeken jelentős munkaátszervezésre került sor. A tudományos munkálatok fejlődésében jelentős szerepet játszott a kezdeti időszakban Dr. Gejza Steinhübel, jelentős növényfiziológus, továbbá professzor František Nábělek botanikus, valamint Dr. František Benčať, aki igazgatóként 1954-től 1989-ig vezette a SZTA Malonyai Arborétumát. Dr. Gejza Steinhübel jelentősen hozzájárult a történelmi források megőrzéséhez is a Malonyai Arborétum megalapításának időszakára vonatkozóan, Dr. František Nábělek a növények első leltárját készítette el, és Dr. František Benčať az arborétum fás növénygyűjteményének további fejlesztésére összpontosított az új tudományos intézmény részeként. Rövid időn belül hat tudományos részleg épült itt ki, melyeknek köszönhetően a tudományos munkahelyet 1967-ben a SZTA Dendrobiológiai Intézetének nevezték el, és 1980-ban a SZTA Biológiai-Ökológiai Tudományok Központjának részévé vált. A tudományos részlegeken az idegenszármazású és hazai fás növényeket tanulmányozták a fiziológiai szinttől kezdve egészen a fenológiai aspektusig, a fitopatológiáig és alkalmazásukig, azonban elsőrendű cél maradt a fás növények tudományosan irányított introdukciója és akklimatizációja.
A fás növények gyűjteménye 1965-1992 között jelentős mértékben kibővült, főképp a SZTA Malonyai Arborétuma más európai és ázsiai, illetve tengerentúli botanikai intézményekkel történő intenzív együttműködésnek köszönhetően. Azok az utak, melyeket Benčať igazgató Daniel Kovalovsky kertésszel tett meg 1960-ban Kínába, és 1962-ben Ivan Tomaško kertépítésszel Közép-Ázsia térségébe, jelentősen befolyásolták az azt követő projektet és „A kínai dendroflóra kísérleti területe” megvalósítását, amely 14 ha fitogeográfiai területté nőtte ki magát, melyet jelenleg Kelet-ázsiai dendroflóra terület néven ismerünk, Közép-Ázsia, a Kaukázus, valamint Észak-, Közép- és Dél-Kína, a Távol-Kelet, Himalája és Japán önálló expozícióival. A koreai dendroflóra eredeti expozíciója, a Kelet-ázsiai dendroflóra részeként fokozatosan egybeolvadt Japán expozíciójával, mivel 1985-ben egy önálló 4,5 ha terület, a Koreai dendroflóra területe jött létre – az Észak-Koreába 1982-ben, 1983-ban és 1985-ben megvalósított három expedíció eredményeként. Később, a gyümölcsöskert és szőlőültetvény egy részének parkosítását követően, egy önálló 7,5 ha nagyságú területen az Észak-amerikai dendroflóra területet lehetett kialakítani, majd 1992-ben Szlovákia veszélyeztetett fás növényei tanulmánya elnevezésű projekt keretén belül a Szlovákiai autochton dendroflóra területet is, csaknem 2 hektár területen, az eredeti Ambrózy-féle Semper vireo park részben. Így az arborétum kiterjedése 1953-1992 között az eredeti kb. 40 ha területről a mai kb. 67 hektárra bővült. 1992-ig a parkobjektum fejlesztésében tudományos munkatársak is részt vettek, akik közül sokan a 20-ik század végén megvalósuló gazdasági transzformáció időszakában távoztak az arborétumból.
A 21. század eleje a SZTA Malonyai Arborétuma számára újabb kihívást jelent arra vonatkozóan, hogy az új körülmények között hogyan váljon a hasonló külföldi botanikai intézmények egyikévé, hogyan őrizze meg az intézmény tudományos jellegét a Szlovák Tudományos Akadémia részeként, hogyan lehet maximális módon kiegészíteni és attraktívabbá tenni a gyűjteményt és az egyes dendroexpozíciókat, és milyen módon lehet a lehető legnagyobb mértékben átadni a növényekről és eredeti környezetükről szóló információkat a széles nyilvánosságnak.