A fagyűjteményről való gondoskodás a SZTA Malonyai Arborétum elsődlegesalapfeladatai és létezésének céljai közé tartozik. A több mint 110 éves és 67 hektáron elterülő parkobjektum fagyűjteménye jelentős revitalizációs beavatkozást igényel, a fiatalabb fitogeográfiai területeken pedig célzott nevelési szándékú intézkedéseket, hogy az egyedek egészségesen fejlődhessenek és a lehető legmagasabb esztétikai értéküket őrizhessék meg. Az év folyamán a dolgozók főleg a rétek kaszálását, a kastély, lugasok, tavak és rozárium környékének ápolását biztosítják.
Tudományos-kutatói tevékenység a SZTA Malonyai Arborétumban főleg az idegenszármazású fás növények introdukciójának és akklimatizációjának problémakörére összpontosul, a Szlovákiában termesztett fás növények gazdagítása céljából. Mint a Szlovák Tudományos Akadémia specializált munkahelye a Tudományos Osztályon a fás növények termesztésének gyakorlati problémáival foglalkoznak, saját módszertani eljárások, ismeretek és az alapkutatás eredményeinek felhasználásával. A cél komplex biológiai, ökológiai és reprodukciós ismeretek megszerzése a perspektivikus idegenszármazású fás növényeket illetően, miközben az egész introdukciós és akklimatizációs folyamatot a növények egészségi állapotára és vitalitására (fitopatológia) való tekintettel irányítják. Az alapkutatásnál biotechnológiai módszereket használnak, a molekuláris biológia és genetika módszereit pedig a taxonómiai tanulmánynál és a növények stresszre való válaszai tanulmányozásánál használják. A fás növények tanulmányozásának részét képezi azok fenológiai egyediségeinek tanulmányozása, mely a meteorológiai adatok arborétumban való begyűjtésére támaszkodik.
A SZTA Malonyai Arborétuma az utóbbi években teret biztosít alternatív nevelési-oktatási képzés megvalósításához a Fák Világa Tanteremben, az Alkotóműhelyben és a Könyvtárban. A fagyűjtemény lektorai és kísérői a tanulók és diákok kirándulásai során azok rendelkezésére állnak, hogy ezzel is támogassák a fiatalok fás növények és a természetvédelem iránti érdeklődését.
Nem csupán az arborétum gyűjteményeinek kiegészítése céljából az Index seminum segítségével, hanem a további termesztésre alkalmas működtet a SZTA Malonyai Arborétuma saját dísznövény iskolákat. Az ottani vásárlással a látogató valójában az intézmény összes tevékenységét támogatja.
A szervezet szakdolgozói nem utolsó sorban térítésmentes tanácsadói tevékenységet is biztosítanak a fás növények nevelésének területéről. A szervezet részét képezi egy tervezői stúdió is, mely zöldfelületek tervezésével, alapításával és karbantartásával foglalkozik
Az SZTA Malonyai Arborétuma alapító tagja a Szlovákiai Arborétumok és Botanikus Kertek Szövetségének (Združenia arborét a botanických záhrad Slovenska – ZABOZAS), és ezen szervezet keretén belül a globális Botanic Gardens Conservation International (BGCI) – a világ botanikus kertjeit tömörítő nemzetközi szervezet céljait és feladatait is ellátja, amely bizonyos szinten a veszélyeztetett növényfajták kutatását is koordinálja, valamint a botanikus kertek tevékenységét a nevelési-képzési folyamatban és magában a kertészeti tevékenységben.
2010-ben az arborétum szimpatizánsainak köszönhetően egy polgári társulás jött létre, a Malonyai Arborétum Baráti Társaság (Priateľ Arboréta Mlyňany), melynek fő célja a szervezet támogatása céljai teljesítésében, főleg az arborétum dendrogyűjteményeinek bővítését illetően, valamint az intézmény pozíciójának megerősítésében, az arborétum jó hírnevének Szlovákiában és külföldön történő terjesztésével.